上海自建设科创中心以来，“减法”不断强化，“加法”却没有跟上，导致大批落后淘汰企业关停，但战略性新兴产业的引进和培育力度不足。
(一)产业发展缺乏顶层设计，产业转型与结构调整有待深化
1.缺乏对未来关键产业和产业化项目的储备
产业化水平和产业技术创新能力是城市经济增长的直接动力，而战略性新兴产业的发展不是一蹴而就的，基于核心共性技术的产业化项目储备，是未来全球产业竞争的关键保障。上海当前缺乏对未来关键产业化项目的总体战略布局和分类，将会丧失在下一轮全球产业竞争中的先发机会。
2.产业转型出现断层，承接产业转移出现断档
上海自建设科创中心以来，重点区域实施产业结构专项调整，“减法”不断强化的同时，“加法”却没有跟上，导致大批落后淘汰企业关停，但战略性新兴产业的引进和培育力度不足。奉贤经济开发区生物科技园区2015年开始进行园区产业转型升级，该园区总面积5.95平方公里，要求关停淘汰的企业有51家，要求整改实现转型升级的企业有31家，共计82家，但没有具体的转型方案和规划，淘汰企业空出的土地和资源环境空间，也没有相关领域优秀企业进行填补，造成产业转型的断层。
上海中心城区淘汰的落后产业有些是适合在郊区落地发展的，但在进行产业转移时，被淘汰企业往往认为上海不适合发展，直接转移至上海周边地区，造成郊区承接产业转移的断档，和优秀企业的外流。
3.产业结构调整缺少“倒逼机制”，产城融合问题仍严峻
当前产业结构调整中，大都通过政府调查分析后，采取指令性命令下达，浪费大量人力物力，而采取差异化管理，利用“倒逼机制”迫使企业转型或向外转移的政策较少。上海提出产城融合已很多年，但效果并不明显。以张江高科技园区为例，作为上海最大的科技产业园，早晚高峰龙东大道仍严重拥堵，交通仍是影响人们生活品质的重要因素，生活社区的资源配套严重滞后于产业园区发展，是产城融合的重要瓶颈。
(二)企业创新能力尚未完全发挥
1.缺少具有国际影响力的自主品牌和领军企业
纵观世界著名科创城市，均不乏被人们津津乐道的著名企业和著名品牌，人们可能不了解硅谷，但一定会知道苹果、英特尔、特斯拉、甲骨文这些企业。建国以来，上海产业门类日趋完善、结构不断优化的同时，国际知名甚至国内知名的自主品牌和领军企业却日渐消失。
2.自主知识产权少，自主创新能力有待提高
上海企业依赖外国技术曾创造了很高的gdp，但科技创新中心的建设不能仅停留在引进和吸收，当前上海全市高新产业的自主知识产权拥有率不足30%，大多数制造业仍停留在加工、组装等价值链低端区域，关键技术、重要材料甚至核心零部件都严重依赖进口，已成为上海产业升级和自主创新能力培育的瓶颈和软肋。
3.创新型企业孵化后夭折率高
上海一直较为重视创新创业型企业的扶持和孵育，孵化器也数量众多，但孵化成功后并不能保证企业顺利的成长、成熟和成功，美国孵化器协会的研究显示，孵化毕业的企业如果不能获得加速项目的支持，大约只有五分之一的企业可以在一年后继续存在和发展。上海很大一部分企业在完成了三年孵化、步入成长过程后，缺少特殊政策帮助和相关资金支持很快夭折，导致上海创新型企业孵化成功数量很大，但真正日后做大做强的企业却不多。
(三)技术应用不足、相关配套滞后，产业后续发展动力不足
1.产业创新技术的本土化应用不活跃
根据上海科技统计年鉴数据，上海企业技术引进经费一直维持在60亿元～70亿元，数十年没有太大增幅，企业技术引进意愿不强。同时，上海产业技术创新成果80%以上通过市场交易流向外地，在市内交易流动的比例较低，造成了上海科技体系并不支撑上海产业高新化发展的局面。
2.高端生产性服务业发展滞后，产业集成后劲不足
上海三产占比在全国处于领先地位，其中生产性服务业占比也不低，但分行业数据统计可知，物流、仓储等低端生产性服务业仍是主角，商业服务、信息服务业、科学技术服务业等与制造业相配套的高端生产性服务业发展较为滞后，这将直接影响未来上海制造业发展水平。
