据调查，有42.2%的中小型民营科技企业将资金作为首要的制约因素，而大型企业的比例则为34.5%。中小型民营科技企业的经营透明度和抵押条件不足，金融机构通常不愿为其提供服务，且由于技术创新本身蕴涵的高风险，在没有很好的机制保障下，也不愿为中小型民营科技企业提供资金支持。政府对于民营企业的创新资金支持仍显不足。
南京是中国高校最集中的城市之一，每年从南京本地高校毕业的各类大学生高达26万人。但数据显示，南京一年共接收大学毕业生7万多人，刨去接收南京地区以外高校的2万多名毕业生，实际留在南京就业的本地高校毕业生只有5万多人，扣除升学、出国等因素，仅占每年新增大学毕业生的两成左右，其中房价偏高等抬高大学毕业生在宁生活成本是重要原因之一。
由于缺乏核心技术，多数中小微民营企业受制于人，主要设备和软件水平相对落后，尤其是计算机辅助设计水平及专业技术程序化、标准化等基础工作相对薄弱。
为此，南京市工商业联合会建议：
实施英才计划，大力培养创新型企业家。组织企业家到境内外先进地区开展专题研修和技术成果、产业合作对接，鼓励企业家与高校院所、科技创业载体、科技初创企业结对挂钩合作。发挥企业家智库作用，鼓励企业家到高校担任产业教授。充分利用各级各类媒体，通过全覆盖、大强度、系列化、高质量的宣传报道，弘扬民营企业在创新发展中的重要作用和突出成绩，推广创新企业及人才的经验做法，特别是要大力宣扬民营创新典型、创新“明星”的典型事迹。
加大政府资金杠杆作用，全力支持企业创新。加大地方财政对创新基金的投入，使其成为科技型中小企业创新融资的重要力量。对认定创新产品给予税收优惠，激励企业进行技术性研发投入的积极性;建立科技开发准备金制度，允许具有一定发展前途的中小型科技企业按其一定的销售比例提取科技开发基金，降低民营企业科技研发成本;积极探索风险投资母基金，对风投企业实行投资收益税减免或投资额按比例抵扣应纳所得税等优惠政策。发挥政府采购对企业技术创新扶持导向作用。降低民企进入政府采购市场的门槛，给民企公平公开的竞标机会，让政府采购的战略意图真正惠及自主创新型企业。
完善创新合作平台，推进民营企业开放式创新。推进民营企业博士后工作站、企业院士工作站、企业技术中心、工程技术中心建设。进一步推动创新政策、创新资源、创新服务向企业集聚，建立健全技术创新战略联盟、校企联盟等产学研合作组织，促进民营企业与高校、科研机构在研发项目、人才培养等领域全方位合作。加强技术公共服务、技术成果转化、融资服务、科技创新人才服务四大平台建设，健全科技资源共享机制，着力将创新政策落实到企业，不断提高企业研发创新活力和内生发展动力。
加强知识产权保护，提升专利申请质量。创新知识产权保护机制。尽快出台《南京市知识产权违法行为举报奖励办法》、《南京市知识产权维权援助办法》等规范性文件，健全知识产权法规和政策体系。支持金融机构开展知识产权质押贷款业务，创新知识产权质押融资产品，对专利质押融资实行利息补贴。改进运营模式，支持担保机构与银行合作，对知识产权质押贷款进行担保，对经认定的知识产权质押贷款给予风险代偿。要全力推动知识产权与经济、科技创新的深度融合。出台科技扶持政策，对专利申请的数量，尤其是质量进行奖励。
依靠企业员工主力军，提高企业自主创新能力。要注重组织职工广泛开展“小革新、小发明、小改造、小设计、小建议”活动，推动创建创新型企业。注重在职工中普及创造学知识，大力培养知识型、技术型、复合型职工，切实增强职工的创造能力，推动建设创新型职工队伍。重点扶持以吸纳大学毕业生就业为主体的新兴产业和高端服务业，加快发展知识、资本、技术密集型企业，挤出和淘汰落后产能，加大保障房、公租房建设力度，留住更多优秀大学生，提升企业员工整体素质。
