中小企业在人力资源管理中的根本问题是人力的非资源化现象严重。人力资源之所以特殊于其他资源，是因为人力资源是凝结在管理者和员工身上的知识、技巧、能力和经验。恰恰因为人力资源是组织中唯一具有能动性的活资源而被中小企业管理者忽略其资源性，一旦人力资源的资源性被淡化，随之而来的则是中小企业人力资源管理的人事化的加重和行政化的抬头。这些后果不利于企业远景目标的实现和自身核心价值文化的构建，以至于中小企业无法满足员工除基本物质需求之外的更高需求，导致企业人才流失加剧，迫使中小企业管理者不得不时刻进行人员招聘，无法满足企业发展对于人才的长期要求。究因则实为人力资源的“非资源化”，中小企业只有认识到人力资源的资源价值，在以人为本的基础上充分发掘其经济性才能跳出人力资源管理的恶性循环，进而获得企业的长远发展。
中小企业自身实力不够强大。一个企业的实力分为企业财务反映的硬实力和企业文化反映的软实力两个方面，而中小企业在这两个方面均不够强大，对于人才没有特别大的吸引力，其中更不乏将中小企业当作自己事业的跳板的人，使得大部分中小企业成了人来人往的市场。因此，中小企业管理者为了留住人才不得不拿出金钱来“收买”，导致企业在人力资源管理以及薪酬管理上无法实现有效化，常常出现人手短缺和薪酬支出较高的情况。同时由于人才流失的周期较短，导致中小企业管理者无心也无力着手企业的核心文化建设，致使企业的软实力始终不能得到增强。
中小企业用人机制不科学，观念落后。中小企业的管理大多是经营权和所有权都集中于企业主，形成“家族式管理”的格局。这种方式在保障企业所有权，保护企业机密方面起到较大作用，但是从长远来看，该模式下的企业员工难以产生对企业的归属感和安全感。同时容易造成企业在人员任用上“举亲避贤”和感情用事的局面，难以在企业内部形成长期的信任机制和科学有效的人才培养机制，常常造成中小企业内部员工对企业主“离心离德”现象。
