中国高新区的成立要追溯到1985年。1985年3月13日，中共中央发出《关于科学技术体制改革的决定》，强调应当按照经济建设必须依靠科学技术、科学技术工作必须面向经济建设的战略方针，从我国的实际出发，对科学技术体制进行坚决的有步骤的改革。并提出在全国选择若干智力资源密集的地区，采取特殊政策，逐步形成具有不同特色的新兴产业开发区。
此后，原中国科学院科技政策与管理科学研究所(现“中国科学院科技战略咨询研究院”)联合全国多个学术部门和地方政府组织开展了关于在中国建设高新区的研究，筛选出我国有智力密集优势的省市并提出在这些有智力密集优势的省市建设国家高新区的建议。
1988年5月，国务院批准设立第一家国家高新区——北京中关村高新区;同年8月，中国国家高新技术产业化发展计划——火炬计划开始实施。创办高新技术产业开发区和高新技术创业服务中心被明确列入火炬计划的重要内容。在火炬计划的推动下，各地纷纷结合当地特点和条件，积极创办高新技术产业开发区。1988年成为了中国国家高新区建设和发展的元年。
此后1991年和1992年国务院分两次集中批复了全国共51家国家高新区建设，形成了早期国家高新区的群体建设规模;2007年之后，国务院在全国范围内分不同阶段和不同批次又陆续批复了新的国家高新区建设;尤其是2012年后，国务院批复国家高新区建设的速度进一步加快，这使得30年来国家高新区的队伍和规模不断发展壮大。时至今日，经国务院批复建设的国家高新区数量已达169家。
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