随后，贺耘成为香港中文大学的一名博士生。1990年，他离开香港前往美国爱荷华州立大学继续自己的求学之路，先后获得爱荷华州立大学有机合成专业硕士学位、加利福尼亚州克锐普斯研究所有机合成专业博士学位。并相继在跨国企业雅培、诺华、罗氏，以及美国生物科技公司(IONIS)和国际知名医药外包公司(PPD)等全球知名医药企业担任重要职务。
2004年起，贺耘兼任中美生物技术与制药协会(SABPA)科技委员会主席、理事、会长、全球联络委员会主席。虽长年旅居海外，但贺耘从没有断了对国内医药产业发展的关注。
2006年，贺耘做了一个人生中重大的决定，在国外待了16年后，他毅然决定回到国内发展，这意味着他放弃了在美国稳定舒适的生活、高薪的职位。他的亲朋好友中很多人对他的这个决定不解，贺耘说：“中国人在国外待了这么久，是该回来做点事了。”
有差距恰好说明有潜力 他回乡参与创办药学院
回国后，贺耘先是在上海呆了2年，又在北京待了4年，当时正值国内生物医药产业发展迅速，前景广阔，亟需医药研究专业人才。贺耘在京沪两地的国际知名药企担任重要职位，将多年国外所学在国内大展拳脚，并积累了丰富的新药研发和高层科研管理经验。
2012年，贺耘又做了一个重大决定，回故乡重庆，参与创办重庆大学药学院，并担任首任院长。
重庆大学药学院的前身是2011年成立的创新药物研究中心。该中心成立时，贺耘曾作为中心的特聘顾问。重庆大学时任校长林建华、理学部主任吴云东院士与贺耘恳谈过多次，向他透露想要创建药学院的想法。
说起在临近知天命的年纪回到故乡开创新的事业，贺耘表示，除了盛情难却，更主要的是他看中重庆在生物医药创新方面的巨大潜力。
贺耘说，重庆曾是全国五大老医药工业基地之一，不仅化学医药具备较强的生产能力和技术积累，中药产业也特色明显，说明在医药产业方面有很好的基础。但是，从科研氛围、医药创新等大环境来说，跟国外和北京、上海这些国内大城市比起来，还是有差距。而正因为有差距，反而说明更有机会和潜力，对他来说，则意味着有更大的施展才能的空间。
